>> $clean = do{ use bytes ; $str =~ s/.{68}\x00{2}(?!=\x00)//g ; $str }
> (?!=\x00) как я понимаю эта конструкция будет искать \x00{2} после которых нет
> \x00, а в строке может быть и несколько кусков такого мусора.
> Так что не сработает. Я поступил в "лоб" развернул строку и
> искал уже с конца \x00{2} и потом резал 70 байт.

Да, ?!= - опечатка, должно быть ?!

Конструкция смотрит 2 нулевых байта, после которых нет нулевых байтов, после чего удаляет их вместе с 68 байтами стоящими перед ними.
Если \0\0 в длину удаляемой строки не входят, нужно вместо {68} написать {70}.