>>> а чем make install отличается от установки пакета в линуксе из-под того же рута?
>> Степенью и сложностью обратимости.
> то есть если в пакете есть команда типа "rm -rf /*", то
> можно будет потом все файлы восстановить?

Такой пакет не пройдёт, например, фазу checkinstall (не путать с одноименной утилитой) нашей сборочницы.  Хотя при желании именно нагадить можно, конечно, засунуть в crontab или ещё как отложить/обусловить.

> и как бы в бсд портах есть еще, помнится, команда make uninstall,
> которая обращает всё что было установлено.

Да и в некоторых апстримных Makefile такое бывает, только тестируется, думаю, на порядки реже (а порой нет даже install).

> по-моему тут лишь вопрос доверия к создателям мейкфайла или пакета

В итоге да, но доверие может формироваться в т.ч. отсмотром деятельности и изменений -- спеки отсматривать обычно легче (мне как минимум), чем вникать в особенную механику проворачивания фарша назад применительно к отдельному проекту.  Такие штуки доводилось и читать (в том же control), и писать (в autologin-sh-functions).