Нормально так с размера перескакивать на избитый аргумент про безопасность. На всякий случай напомню, что в Silverblue flatpak и используется для стороннего софта, это в других дистрах зачем-то сторонний софт суют в репы. И база в Silverblue не построена на flatpak, она построена на тех же RPM что и обычная федора. Кроме того, flatpak по дизайну не подходит для всего, только для определенной части явно десктопного софта.

> враг мейнтейнеров

Это вообще не соответствует действительности. Никто не запрещает мейнтейнерам собирать бандлы, более того, оно чаще сторонними мейнтейнерами и собирается.  А flathub и вовсе требует размещать рецепты для сборки, а не принимает собранные бандлы. Тем же принципам в более строгом виде следует и f-droid, например, где так же нет никаких пакетов и зависимостей.

>отсутствие потенциальной угрозы лучше

Она есть в любом случае. С репами дистров, с бандлами или ещё чем. И ты в репах так же не проверяешь сборку, да и код не читаешь. Конечно, бог мейнтейнер конечно же все до строчки читает, согласно подобным представлениям о безопасности дистров. Так что, не следует подменять понятия.