Да, никто не отрицает, что это не совсем правильно и в идеале надо это делать в ОС. Но это ведь не самоцель. Просто ОСи будут долго внедрять, скорее всего. И даже внедрив, пользователи будут долго обновляться на новые версии ОСей (привет win7-8, старым андроидам). А у браузера есть возможность внедрить это прямо сейчас и пользователи обновятся сразу. Плюс, цитируя https://dnscrypt.info/faq/ по поводу DNS over TLS:
> Difficult to implement securely. Validating TLS certificates in non-browser software is the most dangerous code in the world https://crypto.stanford.edu/~dabo/pubs/abstracts/ssl-client-...

А в браузерах эта часть годами отполирована и нигде не сделано лучше среди клиентской части.
И те домены, которые желательно скрыть, чаще резолвятся именно для браузера, а не другого софта.
По этим причинам мы и видим это в браузере. Когда-нибудь это станет не нужно, но сейчас полезно и не мешает внедрению шифрования в ОСи.