>emerge --depclean уже точно был в 2004 году

Был, да качество не фонтан. Если гуглить "emerge depclean" то вылазят миллиарды разных тем, про то как всё сломалось... гентушники этот баг даже фичей обозвали :)

*** WARNING ***  Depclean may break link level dependencies.  Thus, it is
*** WARNING ***  recommended to use a tool such as `revdep-rebuild` (from
*** WARNING ***  app-portage/gentoolkit) in order to detect such breakage.
*** WARNING ***  
*** WARNING ***  Also study the list of packages to be cleaned for any obvious
*** WARNING ***  mistakes. Packages that are part of the world set will always
*** WARNING ***  be kept.  They can be manually added to this set with
*** WARNING ***  `emerge --noreplace <atom>`.
*** WARNING ***  
*** WARNING ***  As a safety measure, depclean will not remove any packages
*** WARNING ***  unless *all* required dependencies have been resolved.  As a
*** WARNING ***  consequence, it is often necessary to run
*** WARNING ***  `emerge --update --deep world` prior to depclean.