> Не позволяет

Это потому что по умолчанию vpy скрипты не обрабатываются. Нужно предварительно указать демультиплекстор -f vapoursynth ПЕРЕД -i
Но тут появляется другая проблема. В таком режиме ffmpeg совсем не выводит прогресс. Заставить его выводить хоть какую-то информацию о скорости и прогрессе можно добавив опцию -progress pipe:1
Таким образом, скрипт получается:
ffmpeg -f vapoursynth -i script.vpy -vcodec mpeg2video -q:v 1 -progress pipe:1 output.mkv
Интересно, что при открытии vpy скриптов напрямую (не через vspipe) передается информация об аспекте (если он анаморфный).
Это же касается и mpv, собранного с поддержкой vapoursynth. Так собирал я https://pastebin.com/raw/qdhf4rEu (у меня уже был собран свежий ffmpeg 4.3, поэтому я удалил старые ffmpeg dev либы)
mpv нужно запускать с опцией --demuxer-lavf-format=vapoursynth взято отсюда https://forum.doom9.org/showthread.php?t=180433
То есть, команда получается:
mpvvs --demuxer-lavf-format=vapoursynth ~/script.vpy
Чтобы не писать так каждый раз, можно добавить в ~./config/mpv/mpv.conf
[extension.vpy]
demuxer-lavf-format=vapoursynth
mpv получает информацию не только об аспекте, но и о длительности, потому можно попробовать подгружать внешние звуковые дорожки. Но вроде бы в январе 2020 года разработчик vapoursynth сделал встроенную поддержку звука и в версии R51 обещает ее доработать.