> Когда доходит до чего-то чуть-чуть нетривиального, автокрап и cmake стоят друг друга.

Мой опыт говорит о другом. В cmake всё бывает плохо только в том случае, когда криворукий разработчик накосячил в CMakeLists.txt. Увы, за гибкость инструмента приходится платить возможностью такого. А в автокрапе многое криво by design. Не говоря о необходимости таскать вместе с исходниками гору нагенерированных скриптов, объёмом превышающую сам код проекта, причём зачастую — во много раз.

> Латать косяки автокрапа, правда, получается чуть легче (если только авторы весь дебилизм libtool'а не врубают --- в патологических случаях уже только ампутация).

Без libtool в сколько-нибудь сложных проектах не обойтись, а способов отключить хотя бы часть его дебилизма я как-то не знаю. В простых же проектах a'la helloworld и голого make хватит.