Режет неточно (округления), не показывает на таймлайне ключевые кадры, в отличии от Avidemux (только в отдельном окошке), smart cut глючный (промежуточные участки пережимаются в x264 ultrafast, но это можно подправить в файле config.py, впрочем, это не отменяет глюков, по идее надо выставить, как у исходного видео).
Вообще, все это не вина проги. Она просто скармливает тайминг ffmpeg'у. А как он округлит и порежет, это уже претензии к нему. Склеивание идет cat'ом через промежуточный ффмпеговский формат ts.
Я бы посоветовал посмотреть в окошке, где расположены ключевые кадры, но указывать "начало" чуть правее по времени, а "конец" чуть левее. Чтобы гарантированно на другие GOP'ы не перекинулось. А то ffmpeg в хвосте может такого вытворять (B кадр дропнуть, GOP оставить открытым, хорошо хоть без артефактов).

Для резки с точностью до кадра (с частичным пересжатием фрагментов, aka smart cut) рекомендую виндовые VideoRedo TVSuite, SolveigMM Splitter и MPEG Video Wizard (только MPEG2). Первый не работает в Wine, а последний работает.
Но лучше сначала попробовать порезать по ключевым кадрам в Avidemux. Дело в том, что большие GOP'ы встречаются в H.264 и XviD, но там обычно есть детектор сцен и ключевые кадры совпадают с предполагаемым местом резки. В MPEG2 часто нет детектора сцен, но зато GOP всего 0.5 секунд.