> А какую методику анализа вы использовали? Просто личные убеждения что apt точно
> знает о всех файлах в системе? Но это не так, много
> файлов создается не пакетным менеджером или не напрямую им, не во
> всех пакетов полностью корректные сценарии удаления (у апта нету магии -
> он делает ровно то что написанно в сценариях пакета и логике
> заложенной в самой утилите и тут неважно remove или purge).

Обычно адекватные люди узнают о возможностях пекетного менеджера их документации к системе, конкретно Дебиан штатно ставит в установленную систему всё через пакетный менеджер, который знает о всех файлах и настроках, которые автоматически при этом создавались, если вы после этого в обход пакетного менеджера что-то переделывали или добавляли, это уже не проблем дистра, а ваших грязных ручек.
Так то полиси Дебиана заставляет соблюдать правила созания пакетов и оформления скриптов, многие вот жалуются на бюрократию Дебиана, но она как раз и создана, чтобы всякие васяны с немытыми лапами не колхозили в систему кривопакетов, так что если ставите официальные пакеты из официальных репозиториев, то при менеджер пакетов будет абсолютно всё знать, о том, что у вас стоит в системе, кроме того что вы натыкали туда грызными методами, но таком случае это уже ваши половые трудности.
С моей стороны я могу опираться на официальную документацию Дебиана, с вашей стороны, для доказательтва того что это не так вы, надеюсь потрудитесь представить доказательства обратного, вы же не просто так набросили на дуру, верно?! Если имеет место быть такое положение вещей, о котором вы заявили это нехорошая ситуация, и о подобном надо репортить, чтобы фиксили, ведь так?