> Спасибо, забыл про это.

Справедливости ради, точные версии все же нужно прописать в манифесте пакета:

jq < +COMACT_MANIFEST
 "shlibs_required": [
    "libintl.so.8",
    "libpcre.so.1",
    "libelf.so.1",
    "libiconv.so.2",
    "libffi.so.7"
  ],
  "shlibs_provided": [
    "libgthread-2.0.so.0",
    "libglib-2.0.so.0",
    "libgobject-2.0.so.0",
    "libgio-2.0.so.0",
    "libgmodule-2.0.so.0"
  ],

ну и сломать можно, если например пакет залочен, а совпадающая зависимость есть еще и у незалоченого - зависимость обновится.
--
man pkg-upgrade
Where a package on    the work list supplies a shared    library, and that li-
     brary has been updated, all packages requiring that shared    library    will
     also be added to the work list as reinstallation jobs.
--