> Честно говоря, не знаю как именно в autoconf, но по ощущениям, нужно постараться как раз ради поддержки. Поправьте, если ошибаюсь.

Я бы сказал, что в в автотулзах как раз всё просто: srcdir, abs_srcdir, top_srcdir и abs_top_srcdir - это директории с исходниками, а builddir, abs_builddir, top_builddir и abs_top_builddir - это директории с билдом. Мнемоники, ИМХО, понятные (https://www.gnu.org/savannah-checkouts/gnu/autoconf/manual/a... ).
Ты чётко знаешь что исходники у тебя в srcdir. Если у тебя есть какая-то генерация промежуточного кода, например, в lex-е, или yacc-е, то сгенерированный код должен оказаться в builddir. Там же должны оказаться объектники (цели сборки). Если тулза, которую ты используешь для генерации промежуточного кода тупая, то вместо srcdir и builddir нужно использовать полные пути (abs_srcdir и abs_builddir).
Установка собранных целей - стандартна, вполне понятно описана (https://www.gnu.org/prep/standards/html_node/Directory-Varia... ) и не менялась годами. Её, обычно, изменять не нужно: бинарники попадают в $(DESTDIR)$(prefix)/$(bindir), библиотеки - в $(DESTDIR)$(prefix)/$(libdir) (https://www.gnu.org/prep/standards/html_node/DESTDIR.html ), но про это нужно вспоминать только если создаёшь специальные цели, типа install-data-local, или install-exec-hook в Makefile.am