> для чего нужен свой пакет _ОДНОВРЕМЕННО_ с системным?

например, изначально был системный, но чего-то в нем перестало устраивать. Например, в той же убунточке аж два разных nginx и оба - кривые.

> Есть реальные случаи применения такой практики?

практически всегда именно так. Удалю я системный или оставлю рядом - зависит от настроения и поводов.

> Если система незнакомая (только пришел, попросили посмотреть и тому подобное)

ты, кажется, не работал в больших конторах. Тут каждая система - "незнакомая". Потому что не перезнакомишься. И даже если ты сам ее настраивал, через два года уже вряд ли вспомнишь ньюансы, не говоря уже о том что после тебя мог что-то поменять кто-то другой.

>  то прежде, чем что-то вообще трогать, я ее разбираюсь что и как работает и документирую ее.

а прод еще полежит пока.
Поэтому и не надо создавать потенциальных мин замедленного действия. Если что-то похоже на штатное, но не штатное - это должно быть видно с минимальным прищуриванием, даже если ты последний раз сюда заходил пять лет назад, а тебе позвонили в три утра с воплем "все упало!"
Потому что скорее всего так и будет.

Нет, в подобных конторах можно, конечно, почти всегда переложить ответственность на никого и отложить до следующей пятницы, но тем плохой специалист и отличается от хорошего.