А у вас что, весь продакшн состоит из таких костыльно-кастомных решений? Тогда ваша боль понятна - очевидно что все костыли давным давно прочно были скреплены синей изолентой и всех всё устраивало. И тут... Появилась система где костыли надо приматывать прозрачным скотчем! Конечно это шок и негодование.
Тут остаётся только посочувствовать.

> и когда требуется хоть что-то нетривиальное - внезапно, приходится делать это скриптом

Там где это действительно надо - так и делаю без малейших содроганий о нарушении бесскриптовой святости. Зато в этом скрипте уже не надо выдумывать механизмы типа watchdog, ограничения по ресурсам (проц/память), политики перезапуска и много чего другого что поверх него обработает системда.

> и теперь отдельно заботиться о том где его хранить и как не проиметь при тиражировании или обновлении.

Вы так говорите, будто раньше shell портянки автоматически тиражировались по хостам и их нигде не было нужно хранить.
Но честно говоря тут я вообще проблемы не вижу. Есть два очевидных варианта - она хранится в установочном в пакете вместе с юнитом который её дёргает, или в какой-нибудь системе управления конфигурацией типа puppet/ansible/chief и прочие. И в том и в другом случае её трудно забыть, потерять и т.д. Если вы и это использовать не можете, то опять же можно только посочувствовать.

Но вообще, я так и не понял во скольких примерно случаях вас не устраивает то что даёт системда из коробки. Ну т.е. например на 100 условных продных серверов как часто вам приходится прикручивать к ней костыли которые были бы не нужны на shell-based системе инициализации?