> прафесянал-линуксовед :-D (иначе бы очевидные глупости не писал)

Очевидные глупости пишешь ты, малолетний кривляка. Не расстраивай маму.

> .run не запускается под рутом и не требует дополнительных прав кроме как +x на запуск

Если .run не требует рута, значит рута не требует перезапись бинарников, которые он ставит в доступную на запись любым (sic!) пользовательским процессам директорию. (О чём я уже писал, но ты пропустил мимо ушей.) Так делали в незапамятные времена в MS DOS и Windows, что привело к чрезвычайному распространению самого примитивного вида вирусов - файловых. На борьбе с которыми в зарождавшейся России построили себе карьеру Лозинский (adinf), Данилов (drweb) и Касперский (avp). Потом Винда слизала DAC из Unix и разделила программы и данные, и ситуация с вирусами стала заметно лучше. Но до сих пор можно встретить программы, которые хранят данные в каталоге с программой, обычно устанавливавшейся на диск D:, и требуют админские права для первого запуска, если та установлена, как положено, в C:/Programs. Ну а ты всё пропустил. Надеюсь, на уроках ты более внимателен.

> пакеты из репозитория ставятся процессом с правами рута и могут делать что хотят

И этот процесс - пакетный менеджер, а не мусор из интернетов. Пакетный менеджер выполняет только те сценарии (скрипты), которые прописаны сопроводителем пакета, а не те, которые идут в составе дистрибутива программы. А то и вовсе, ободится без скриптов. Часто он просто копирует файлы, подготовленные в процессе сборки, выполняя лишь проверки на дубли, допустимые каталоги и права доступа. Сценарии сборки вообще на машине конечного пользователя не выполняются, а там где выполнятся, то с правами пользователя, в контейнере и т.п.

> шапочку из фольги можешь снять

Обойдусь без советов Yкспертов.