Если сравнить, например, занимаемое место на диске libreoffice, то вот что получается:

При установке либры из репозитория:
dnf install libreoffice

Результат транзакции
====================================
Установка  100 Пакетов

Объем загрузки: 194 M
Объем изменений: 659 M
Продолжить? [д/Н]:

Это без учёта разделяемых библиотек, которые уже установлены в системе.

Каталог /var/lib/flatpak/app/org.libreoffice.LibreOffice с флатпаком либры занимает 674,7M без учёта гномовского рантайма.

По либре по занимаемому на диске месту цифры сопоставимые 659M и 674,7M.

По Гимпу
dnf install gimp

Результат транзакции
=======================================
Установка  16 Пакетов

Объем загрузки: 35 M
Объем изменений: 178 M
Продолжить? [д/Н]: n

Каталог /var/lib/flatpak/app/org.gimp.GIMP с флатпаком гимпа занимает 332,2M без учёта гномовского рантайма.

178M против 332,2M.

Для меня экономить на диске особого смысла нет, там места  достаточно. Не исключаю, что для кого-то это будет ограничивающим фактором (особенно если используют SSD небольшой ёмкости), тогда лучше ставить rpm-пакеты.

По памяти сравнивать не стал, думаю, что сопоставимо. У меня по ощущениям на RAM 4 Гб и SSD 128 Гб заметного снижения скорости флатпак-приложений по сравнению с нативными не заметил.

Плюсом флатпака является быстрое обновление, т.к. они обновляются пофайлово из ostree-репозитария, т.е. скачиваются только изменённые файлы, а при обновлении пакетным менеджером скачиваются либо весь rpm-пакет целиком, либо дифы. Обновление дифами -- это фича федоры.

Кроме того, флатпаки стоят в стороне от системы. Она тоже обновляется быстро, т.к. там нет тучи шлака из приложух и их библиотек.

Ещё один плюс -- в дистрибутивах с длинным циклом поддержки можно иметь в системе свежие версии приложений во флатпаках. Например, в таких как Альт, Дебиан цикл стабильного репозитария составляет около 2 лет плюс-минус туда-сюда. За это время приложения успевают пройти несколько выпусков (релизов).