> код, настраивающий систему как надо

Это практически невозможно для домашней системы, которая постоянно настраивается, что-то добавляется, что-то удаляется. Разве только для сервера-функции, который один раз установил под одну задачу и забыл. Иначе, замучаешься этот "код" сопровождать и, ещё хуже, тестировать.

Ближе всех к этому решению приблизился NixOS, который пытается всю систему одним конфигом описать и заставляет вносить изменения не привычными утилитами, а редактируя гигантский конфиг или доморощенные сценарии, с соотвествующим уровнем "удобства". Но даже там, сюрприз-сюрприз, есть "снимки" и откаты на предыдущее состояние системы, которыми, кстати, придётся не раз воспользоваться, учитывая уровень поддержки этого дистрибутива. Вот только реализовано это жутко тормозными костылями на латыни. Там даже добавление одного "пакета" в систему превращается в целое приключение, при условии, что хватит оперативной памяти. Короче, вы как хотите, а я предпочитаю Btrfs, он работает, работает сейчас и работает хорошо.