> А прозрачное окно поверх всех окон можно?

Можно, но эвенты от него другим окнам приходить не будут.
> это проблема Wayland

Это не проблема, а особенность, модель безопасности. Один клиент wayland не может ни управлять другими, ни получать их информацию.

В иксах тоже есть подобное в виде расширения XSecurity, но т.к. в ограниченном его режиме (untrusted) недоступно большинство других расширений, включая 3D-графику, весь софт на модных gui-фреймворках требует trusted-режим, т.е. полный доступ к графической сессии. Заходя на удалённый хост с помощью ssh -XY, предоставляешь этому хосту такой доступ.