Это не про пропуск тишины в начале, как раз не следует ничего пропускать. Проблема к кодекам не имеет никакого отношения. На большинстве альбомов эта проблема не заметна, как раз из-за наличия тишины в начале и/или конце. А вот редкие альбомы, где по задумке между треками тишины быть не должно, на говноплеерах слышен щелчок.
Я ХЗ что они делают не так, подозреваю что большинство плееров это тупо GUI к кодекам: открыли файл, прочитали, направили в кодек, поток с него направили в звуковую карту, закрыли. В этом видимо и проблема, т.к. есть момент закрытия аудиопотока в звуковую карту, открытие следующего фалйа и т.д. По хорошему должен быть какой-то буфер декодированного аудио, куда данные поступают заранее, за счёт чего обеспечивается непрерывность аудио потока.
Ну как для AudioCD делалось в хардварных плеерах, данные сперва читаются в небольшой буфер длительностью хотя бы в секунду.

Я последний раз тестировал все плееры, что были в репозиториях, лет 10 назад, из протестированного gapless playback работал только в MPD, Aquqlung, MOC и вроде бы всё. Может с тех пор что-то и улучшилось, но вряд ли.

Причём это не должно быть опцией, это то как плеер должен работать в принципе.

Пример альбома, где это можно потестировать:  Fredrik Thordendal's Special Defects - Sol Niger Within (треки должны быть отдельными файлами)

Ещё пример того что должен уметь любой нормальный плеер, но может только Deadbeef:

cat *.ogg > merged.ogg

По спецификации формата в плеере файл merged.ogg должен отображаться как несколько треков. Из линуксовых это поддерживает только Deadbeef. На некоторых плеерах этот файл даже мог не воспроизводиться корректно, не то что отображаться правильно. Foobar и то такой файл обрабатывает корректно.

Мало кому нужная фича, но смешно что линуксовые плееры не могут толком поддерживать оперсорсный же формат в полной мере.