Ты не понял, пакетный менеджер не должен рулить конфигами ПО. Собрали пакет, пользователь установил и только он может производить необходимые операции над ПО, а не пакетный менеджер, тем более с велосипедом в виде options. Как пользователь будет производиться необходимые операции не имеет значения, главное это делает он сам.

Поэтому я считаю, что подход Nix, Guix, отчасти Debian с его бесконечными "я сам решу за пользователя" в корне неправильным. В Debian так вообще приколы бывают. Установил пакет А, через год установил пакет Б, а он при установке залез в директории, которые появились после установки пакета А, и внёс изменения в конфиги файлов из пакета А. Так при установке пакета не имеющего ничего общего с apache он может и меняет mpm последнему. Event поменять без ведома пользователя на prefork. Да за такое по рукам нужно бить.