Из того, что я знаю, вроде исправили. Когда я с этим столкнулся, ещё нет. Ты, наверное, не представляешь, сколько ресурсов эта возня с обнаружением багов занимает, кроме того, ещё и не на любых данных в принципе может воспроизводиться. А потом оказывается, что так и задумано.

Что касается кучи народа, так именно поэтому столько запоротых файлов в интернете. И когда ffmpeg помножается на поделки вроде тормоза, всё становится ещё трагичнее. Никогда нельзя недооценивать глупость людей, и количество любителей не показатель высокого качества поделки. Сколько-нибудь профессиональный софт никогда не будет использовать этот комбайн для серьёзных задач.

Проблема с тегами на самом деле в том, что у ffmpeg СВОЯ система тегов (которые он будет бездумно пихать, или нет, удаляя даже ключевую информацию), как и свой формат всех файлов (и плевать им на спецификации), из-за чего параметры файла и как он закодирован узнать просто невозможно, они случайные. В конвертации между упомянутыми форматами тегов нет ровно ничего проблемного, несмотря на их отличия.