> В чем сложность?

В том, что конфиг твоей системы теперь как минимум в двух гит-репах: твой собственный + форк войда.

> довольно неплохо сделано

Погугли, как люди оформляют свои оверлеи к войду. Спойлер: через костыли. В никсоси напротив, оверлеи - это штатный механизм.

> Вот например арчевский PKGBUILD

А как в нем сделать "наследуемся от PKGBUILD, предоставляемого дистром, и довешиваем туда доп. патч и применяем еще одну опцию сборки"? В никсоси есть override{,Attrs}. Мейнтейнеры nixpkgs обновят версию полибара, а у меня он сам автоматически заоверрайдится с нулевыми усилиями с моей стороны.

Да и чтобы оформить пакет, тебе пришлось создать два файла: собственно скрипт + PKGBUILD. В никсоси свой пакет можно оформлять по месту. К примеру, конфигурируем гит и тут же рядом кладем скрипт, оформленный правильно как пакет:

    programs.git.config = {
      init.defaultBranch = "master";
      alias = {
        "co" = "checkout";
        "s"  = "status";
      };
    };
    environment.systemPackages = [(writeShellApplication {
      name = "git-my-custom-command";
      runtimeInputs = with pkgs; [coreutils git];
      text = ''
        # не пришлось создавать отдельные файлы,
        # реализация кастомной гит-команды
        # находится рядом с конфигом гита
      '';
    })];