Например в двухпанельнике можно выделить в обоих панелях по файлу и быстро их сравнить. Krusader для этого исользует kdiff. Это можно сделать и напрямую в kdiff без Krusader'а, но дольше.

В двухпанельнике можно быстро сравнить каталоги, покажет не только отсутствующие файлы, но и различающиеся (как сравнивать - настраивается в меню).

У каждой панели свой набор вкладок. Удобно. Так же удобно настраивать ярлыки (или как оно там называется) на папки smb/sftp/etc. Еще двумя кликами можно посчитать контрольную сумму файла. Консоль вызывается по одной горячей клавише с установленным путём как в активной вкладке, да и вообще интуитивно понятные горячие клавиши (переименование файла, копирование, перемещение, удаление), часто совпадающие у всех двухпанельников. Удобный поиск с отображением результатов в новой вкладке. Более простая навигация при помощи клавиатуры, выделение файлов по маске. Быстрый подсчет размера выделенных файлов. Быстрый просмотри и быстрое закрытие после просмотра текстовых файлов при помощи клавиатуры, удобно когда нужно просмотреть/отредактировать много файлов.

Кто к этому не привык - не поймет.