Увы, в Windows не всё так гладко.

В "Program files" лежит то, что когда то было отдельными продуктами: IE, WMP. При этом DirectX, несмотря на то что является по сути отдельной "программой", находится в папке Windows. Мелкие программы, как calc, notepad, mspaint, .. лежат в Windows\System; справка по мелким программам - вперемешку с файлами с системной справкой. В последних версиях добавили папки "Common files" и "Uninstall Information", которые больше системные, чем программные (вспоминаем название - "Программные файлы" - "Program files").

Пользовательскую папку начали похабить ещё в ХР. Изначально она была вида "C:\Documents & settings\username\" и пользователь организовывал её по своему разумению (по мне так логичнее назвать её "C:\UserData\username\"). Сейчас в ней толпа виртуальных папок, вкл. AppData, в которую некоторые "умные" разработчики ПО предпочитают устанавливать свои программы. В "Моих документах" создают папки для своих файлов большинство серьёзного (?) ПО. В результате бардак и захламление. Майкрософт подливает масла в огонь, так программа синхронизации фотографий со SkyDrive синхронизирует файлы только из "Мои Изображения", предпочитая подключать к данной виртуальной папке реальные папки, делая из пользовательской папки хрен пойми что.

В результате диск C: фактически полностью стал системным диском и хранить на нём пользовательские данные год от года становится всё неудобнее. Этому способствует и появление в корне уродливых папок вида "Documents & settings", "PerfLogs", "MSOCache", и пр., хотя их можно было засунуть в "Windows" или "Temp".