>> Существует ли методика определения со стороны сервера(сайта), что вход на сайт осуществлён
>> через эту систему с левым "доверенным" сертификатом?
>> Ещё раз: соединение по ssl, сертификат на сайте - реальный, не самоподписаный.
> используйте SSL Client Certificate для того чтобы сервером определять настоящего клиента

т.е. всё-таки клиентский сертификат для браузера... м-да..
это, конечно, будет работать, но несколько не то, что надо.