> на nginx хосте, (s,l)trace в помощь

Это фундаментально !
Скорость на скачивание 30кб/с при локальной сети в 100Мб.

Но есть предположение что надо прописать

location ~*^.+\.(jpg|jpeg|gif|png|css|zip|tgz|gz|rar|bz2|doc|xls|exe|pdf|ppt|tar|wav|bmp|rtf|js)$
        {
            root   /var/www/;
        }

А вот root надо заменить на адрес сайта http://
А если на Апаче несколько сайтов, а они описаны в одном server {} ?