>ситуация:
>например, в теге <A> прописывается php-скрипт с парамертами, но без расширения (т.е. без .php - <a href=script?a=1&b=2>). сервер сам находит нужный файл, но почему то не передаёт ему параметры, если прописать

Через mod_rewrite правильно настрой редирект на реальные .php скрипты c учетом передачи параметров. А не пользуйся MultiViews в Options, как это делается у тебя сейчас.

http://httpd.apache.org/docs/content-negotiation.html