> Должна, но не обязана, прелесть линукса в гибкости,

Помнится, разработчики Windows в свое время реализовали довольно интересную задумку - унифицированную базу данных для хранения настроек программ (реестр). Но они не могли обязать разработчиков программ не устраивать там срача.
В результате разработчики программ с лозунгом "прелесть реестра в гибкости" мигом превратили его в помойку.

Именно за это мы и любим текстовые конфиги - они совершенно негибкие, и их гораздо труднее загадить.

> вот на недели tftpd  разворачивал, нету у нее конфига, как прикажете папку корня ftp менять.

В sysvinit - править инит-скрипт, который является кодом и поэтому будет затерт при следующем обновлении.
В systemd - поправить конфиг юнита, который является (внезапно) просто конфигом.

> SysV то еще убожество, но он прозрачен абсолютно, с момента запуска init
> можно контролировать его добавляя в скрипты выдачу отладочных мессаг

А в systemd не надо ничего добавлять, достаточно в повысить loglevel до debug, и все его компоненты начнут писать в лог подробную отладочную информацию. Нормальный код имеет много преимуществ перед сметанными на живую нитку скриптами.