>[оверквотинг удален]
>> это исходящие пакеты на роутере? или между роутером и провайдером?
>> вы уверены что от провайдера не пришло ответного пакета и вы его
>> не зарубили на NAT?
> Извиняюсь за долгий ответ, но проблема со временем пропала сама, так же,
> как и появилась.
> Лог снят с роутера, который стоит в ДЦ, перед сервером (на нем
> поднять только BGP, файрвол чистый). Поэтому НАТ не мог ничего зарубить.
> Есть подозрения - что проблема была связана с провайдером, к которому подключены
> клиенты. Как удалось узнать, они как раз внедряли фильтрацию трафика (для
> закона о блокировке нежелательных сайтов).

По симптомам похоже на ограничение tcp сессий или conntrack.