>> потому что вы ищите файт с именем .nfs000 что неправильно.
> а какой файл искать правильно?
>> такие имена появляются когда файл удалили, но другой процесс его еще юзает.
> но как понять какой процесс ещё юзает, lsof и fuser ничего не
> показывают
>> как только все процессы его освобождают эти файлы удаляются автоматически.
> те о которых пишу, удаляются только вручную и после перезапуска хоста (перезагрузки),
> отмонтирование шары и повторное монтирование не помогает

ищи по пути шары, например lsof | grep /mnt/nfs