Проблема такая, Apacha работает либо с динамическими вирт хостами, либо только с фиксированными.
т.е. если разкоментировать 2ую и 3ю строчки (лиссинг снизу) то последующие виртуальные хосты (по имени) не работают (это test.domain.ru www.domain.ru doc.domain.ru)
может можно разделить динамические и фиксир хосты путем разных ip  
с одного ip 192.168.1.2 (пример) - динамические
с 192.168.1.1 - фиксированные ?
но что-то мне этот вариан не очень нравиться!

----------------------
NameVirtualHost 192.168.1.1
#VirtualDocumentRoot /hoe/wwwdir/%0/www
#VirtualScriptAlias /home/wwwdir/%0/cgi-bin

<VirtualHost 192.168.1.1>
    ServerName test.domain.ru
    DocumentRoot /home/wwwdir/test.domain/www
    ErrorLog /var/log/virt_www/test.domain_log
</VirtualHost>

<VirtualHost 192.168.1.1>
   ServerName www.domain.ru
   DocumentRoot /home/wwwdir/www.domain/www
   ErrorLog /var/log/virt_www/www.domain_log
</VirtualHost>

<VirtualHost 192.168.1.1>
   ServerName doc.domain.ru
   DocumentRoot /home/wwwdir/doc.domain/www
<Directory /home/wwwdir/doc.domain/www>
   AuthType Basic
   AuthName "Enter Password"
   AuthUserFile /home/wwwdir/doc.domain/.htpasswd
   <Limit GET POST PUT>
      require valid-user
   </Limit>
  # AuthGroupFile /web/group
  </Directory>
   ErrorLog /var/log/virt_www/doc.domain_log
</VirtualHost>  

<VirtualHost 192.168.1.1>
   ServerName apache.domain.ru
   DocumentRoot /home/wwwdir/apache.domain/www
   ErrorLog /var/log/virt_www/apache.domain_log
</VirtualHost>