>Я новичок в FreeBSD и никак не могу понять что же всетаки
>лучше и стабильнее, компилировать пакеты из портов через /usr/posrts или всетаки
>устанавливать через pkg_add уже откомпилированные пакеты?

Стабильнее - пакеты, порты - лучше когда не новичок и понимаешь что и для чего делаешь.
Но порты чаще обновляются быстрее получишь новый функционал.