Я думаю, дело может быть в "аудио я не трогал вообще".  По этой же причине, кодируя любое видео отдельно от аудио, есть нехилый шанс словить рассинхрон. Это надо уметь работать с ffmpeg, чтобы он не портил видео или аудио при транскодировании. Ключи вроде vsync и прочих async. То, что ffmpeg не очень хорошо работает с файлами, это проблема отдельная. Как исправить видео в kdenlive не знаю, не подскажу.