Пока GUI - это набор контролов (button, checkbox, radio, combo, input... и все?!), естественно, он не годится для настройки серьезных программ, где нужно "немножко программировать", как в iptables или ldap.
Нужно менять парадигму и выдумывать новый интерфейс - достаточно абстрактный, чтобы быть удобным для пользователя, и достаточно однозначный, чтобы компьютер мог распарсить идею пользователя в конфиг. Увы, пока положительных примеров таких конфигураторов нет, а с модой на веб-морды - и не предвидится.
CLI - это, конечно, круто и профессионально, но ситуация, когда изучение настройки программы приближается по сложности к изучению нового языка - не комильфо. Куча народу бьется над тем, чтобы "осилить" маршрутизацию при том, что 90% этих людей хотят довольно тривиальных вещей, а не "прибивания пакетов по критерию"...

Я считаю, что проблема не в GUI vs CLI, а в интерфейсах в целом и дистанцией между тем, что сделал разработчик и тем, что удобно пользователю. Проблема характерна и для Linux, и для MS & Co.