DNF работает на том же движке, что и Zypper, и под капотом у обоих RPM. В качестве фронтэнда мне больше нравится Zypper – он удобнее, у него приятнее синтаксис и больше фич (но есть несколько мелких багов), но его почему-то не взяли. Всегда интересовал вопрос "почему?", и только что возникла догадка – как раз для того, чтобы переход yum -> dnf осуществлялся почти без изменений (команды, ключи), т.е. можно было сделать yum алиасом dnf'а.