Ну я не знаю даже, посмотрите что ли как в Neo4j это реализовано. Там индексированный поиск в списках смежности, без попытки натянуть графы на реляционную алгебру с джоинами, нормальными формами и прочим. То, что в РСУБД можно при желании запихать иерархические структуры данных, не значит, что так нужно делать. Кроме каких-то совсем простых классических случаев, когда в базе нужно хранить дерево (и наличие цикла считается аномалией, а не фичей, на которой завязана бизнес-логика). Тогда Materialized Path в помощью. Во всех остальных случаях попытка использовать РСУБД для графовых задач - натягивание совы на глобус.