Пожалуйста, не выдумывайте проблем там, где их нет. В rpm их, во всяком случае, нет.Ваша задача для одного пакета решается с помошью mock, который автоматизирует данную операцию - собирает chroot для сборки данного пакета, ставя внутрь все необходимые зависимости (и ему, сюрприз, вообще без разницы, что стоит в базовой системе - можно хоть i386 внутри чистой x86_64 собирать - он собирает информацию о том, что где находится прямо из метаданных по репозиторию). Для сборки ВСЕГО дистрибутива создана (конечно, монстрообразная. А вы что хотели, дистрибутивы массово клепать на коленке? это можно, но другими инструментами, которые не пересобирают все с нуля) система koji. Которая используется, в частности, для сборки всех версий fedora и redhat - и ни-ког-да ни у кого не было тех проблем, о которых вы пишете.
koji - это не система сборки "из ничего вообще", потому что это не имеет смысла. Это система непрерывной сборки, когда новое собирается на пакетной базе старого. "начала", из которого прямо получается результат как такового нет, вы можете как начало взять все, что вам нравится, через несколько итераций - примерно как двойная пересборка gcc самим себя - все версии зафиксируются в то, что нужно.
Вы, наверное, скажете, что это не то, что вы хотели - ну что ж, извините. В плане сборки дистрибутивов (да и не только их, тот же gcc+glibc+etc в пример, когда рекомендуется пересобрать все снова и снова при изначальной сборке) обычно делают именно так. Даже LFS начинает собираться на хост-системе - но благодаря итерационной пересборке становится самостоятельным и _независимым_ от нее. Koji реализует то же самое, только вместо хост-системы у нас постоянно устаревающая пакетная база.
"Подготовленного кем-то репоза"? Да поймите вы, это не имеет значения :) Совершенно новая и независимая сборка нового дистрибутива просто ИСПОЛЬЗУЕТ старый репозиторий вначале, как LFS использует хост-систему, а потом выходит на самоподдержку. А что у вас там было в начале, вообще неважно.
Кстати, у центоса не было бы таких жутких проблем со сборкой RHEL6, если бы у них был koji или его аналог; но для них это слишком тяжелая система, а по ресурсам они ограничены (koji требует много места для нескольких поколений пакетов и много ресурсов при итерационной пересборке), поэтому и них своя простенькая система, но им тяжело собрать в ней дистрибутив, рассчитанный на принципиально другую систему создания с нуля. Кстати, у них тоже нет бустраппинга - у них тоже итерационный метод, но начинался от с базы centos 5, которая слишком стара. Но все-таки она намного примитивнее koji, и адаптировать сборку к ней довольно сложно
