Привет,
Чистое решение - один раз запустить OS с rescue диска, смонтировать ваш Linux со второго диска, сделать chroot на него, установить bootloader (для LILO это значит запустить /sbin/lilo, для grub точно не знаю, он ведь умнее, может быть, просто touch '/etc/grub.conf'?).
Можно конечно придумать е биле есложную мистификацию типа скопировать 512 байтов с первого диска на второй (собственно, сам MBR) с помощью dd, но при этом придется повозиться с тем где именно находится image вашего ядра...
WWell,