>Я к тому, что с версии 4.6 "утекло много воды" и может
>быть обновление до последней версии портов пройдет не правильно? И нужно
>не до последней версии обновление делать?
Обновление (собственно cvsup) пройдет нормально в любом случае. На вопрос, не возникнет ли потом проблем - априори ответить нельзя. 4.x ветка системой портов, конечно, поддерживается, но тестируют порты в основном под 4.11, и то далеко не всесторонне (чаще всего на уровне `соберется - не соберется'). Много портов не поддерживают 4.x как таковую, многие потребуют ставить gcc 3.x, ибо 2.x уже не собираются.
Поэтому - решайте сами. Если уж обновлять, лучше обновить все, иначе лучше не трогать. Если все-таки соберетесь обновлять отдельные порты - надо действовать осторожно - ставить сначала в другой PREFIX, или вообще экспериментировать на другой машине.