В статье "Storing Hierarchical Data in a Database" достаточно подробно рассматриваются два метода представления древовидных структур в рамках плоских таблиц: рекурсивный метод (в записи каждого потомка есть ссылка на родителя, крайне неэффективен при использовании SQL таблиц) и метод прямого порядка обхода вершин (более сложный для восприятия алгоритм, быстрое построение дерева, но большие затраты при добавлении нового элемента). Приводятся примеры кода для PHP и MySQL.