Опция "-D" утилиты e2fsck позволяет выполнить переиндексацию при использовании
dir_index (tune2fs -O +dir_index),
иначе выполнить перекомпановку с сортировкой (когда было создано или удалено 
большое количество директорий) и сокращением размера (когда в
директории было много файлов, а потом их удалили).

Пример запуска (/dev/sdb1 должен быть отмонтирован или переведен в режим только для чтения):
   # e2fsck -D -f /dev/sdb1