Устанавливаем пакеты необходимые для сборки системы fprint:
  aptitude install libpam0g-dev libusb-dev libmagick9-dev libglib2.0-dev libssl-dev
  aptitude install libgtk2.0-dev libx11-dev libxv-dev # если будет сборка с поддержкой x11

Загружаем libfprint и pam_fprint с сайта http://www.reactivated.net/fprint 
Собираем стандартно через: 
   ./configure
   make
   make install

Или пересобираем готовые Debian пакеты:  
---
   Качаем .dsc, tar.gz и diff.gz со страниц
   http://packages.debian.org/experimental/libfprint0
   http://packages.debian.org/experimental/libpam-fprint

   Устанавливаем доп. пакеты необходимые для сборки:
   aptitude install fakeroot autotools-dev debhelper dpkg-dev 
   
   dpkg-source -x libfprint_0.0.5-2.dsc
   cd libfprint-0.0.5
   dpkg-buildpackage -rfakeroot 

   Пакет libpam-fprint создается по аналогии
---

Генерируем слепок отпечатка указательного пальца 
(запускаем под логином для которого сохраняем отпечаток):
   pam_fprint_enroll --enroll-finger 7

Для опциональной аутентификации по отпечатку (возможность ввести пароль остается), 
в /etc/pam.d/common-auth первой строкой ставим:
   auth   sufficient      pam_fprint.so

Если пускать в систему нужно только после сверки отпечатка, "sufficient" заменяем на "required".

PS. В Gentoo Linux добавляем в /etc/pam.d/system-auth перед строкой c pam_unix.so