Если добавить в секцию "[main"] файла /etc/yum.conf опцию

   tsflags=repackage

то резервные копии rpm пакетов, которые обновились, вместе с конфигурационными файлами,
будут сохраняться в директории /var/spool/repackage/. Не забывайте следить за
свободным местом на диске.
Подробности в man yum.conf и man rpm.

Сохранение изменений файлов конфигурации работает, только если вы держите конфигурационные файлы 
в стандартных для конкретных rpm пакетов местах.