Например, если в результате выполнения функции (например,  
base64_encode($buffer)) на выходе получается битый файл (кавычки, \ и
символ с нулевым кодом экранированы символом \), то проблема в
использовании директив автоматического экранирования magic_quotes_gpc
(get, post, cookie) или  magic_quotes_runtime (автоэкранирования в
некоторых функциях) в php.ini. Для решения проблемы нужно использовать
функцию stripslashes, например: base64_encode(stripslashes($buffer))