в случае хромога - никак не надо разруливать, базки у него крошечные, структуры данных тривиальные, сложных запросов к ним не делается, да и секундную задержку пользователь на общем фоне даже не увидит, sqlite справится самостоятельно, и даже модныйновый wal2 не понадобится включать.

А 500G с хотспотом в 100 - да, в один или в неодин но синхронизированный поток, потому что самому разрулить быстрее и эффективнее, чем надеяться на механизмы основанные на flock. Да и на орацла надейся, а йешака привязывать не забывай, поскольку его хитрые оптимизаторы должны будут гадать как у тебя устроена внутренняя логика, а ты - можешь ей просто сам управлять с гарантированными параметрами.