Уу, много чем, все даже и не перечислить, например количеством so.libs которые засирают систему начиная от пакетных менеджеров, заканчивая snap/flatpak. Да вы сейчас начнете заявлять что это не проблема Линукса, но под эту гребенку можно подмести абсолютно все, у линукса все шикарно (там в терминале с консольным busybox) это дистростроители упороты.

Вот вариант за который отвечает линукс - то как система ведет себя в ситуации сильной нагрузки на CPU (не I/O), если компуктер нагрузить множеством приложений часть которых жрет 90% cpu и во всю AVX инструкции ведь в такой ситуации (по крайней мере на моем опыте) не редко что все нахрен зависнет. Тогда даже firefox запустить долго. Например, на венде все закешированное в озу в этот момент работает ок, под линуксом же ощущение что он вычещает кеш озу или вообще активно начинает его сбрасывать на диск, но так как у нас сейчас везде (кхе кхе) zswap/zram которые lz4/zstd (алгоритмы активно утилизирующие много потоков) это сделать системе сложнее. Да блин и опять же можно заявить что проблемы пользователей решаются 16 ядерными 5ггц Интелами! Иными словами я могу компилировать, запустить тяжелую игру и смотреть ютуб в браузере одновременно под Windows, я не могу этого сделать под линуксом, ибо видео в браузере просто будет зависать.

Про I/O на системах с проблемными накопителями я вообще молчу тут можно только сопереживать. Был один веник подозреваю что с размагничиванием ибо лежал он 10 лет и пользовались им для футбола, с которого нужно было хоть что-то спасти, так вот вендовый "проводник" фоточки скопировал, линукс не смог смонтировать ntfs с первого раза, ls/cd работали с пингом до марса, а копировалось все на bytes per second скорости. Наверное это тоже не проблема линукса ведь пользователь сам криворук не имеет бекапов и не приобрел такой новомодный и современный NVME.