Вы мне маленького ребенка напоминаете свой наивностью и старого деда постоянными повторами сказанного, водой, и безосновательными оскорблениями.

>В условиях сервера это даже порой к лучшему - руткит не смогут вдуть…

Теперь понял о чем вы. Ни разу не видел что бы подменяли/подгружали_свои модули ядра. Их ведь еще написать надо. Скрываются обычно подменой обычных сервисов, хотя бы даже так:
mv /bin/ps /bin/pc
cat > /bin/ps
#!/bin/sh
/bin/pc $1|grep –v mybot
Создают диски в памяти и прочая. Весьма хорошо вылавливается это посредством chkrootkit.

>Так что ваши сказки про апдейты, конечно красивые, но юзеров от взлома сайта не спасут.

Вы сами себе же противоречите, сначала про руткиты речи толкаете, потом говорите, что не обновленное ПО не страшно… root-а разве уже научились получать через дыру в phpBB? А скрипты соседних сайтов так же можно просматривать через любого пользователя? Кстати чего-чего, а вот текущая структура каталогов и прав у ИСП продумана хорошо и соседние юзеры, как вы писали про мастерхост, ваши данные не увидят.

>Боюсь что юзеров которые одобрят перезагрузку VDS без спроса - немного.

Бойтесь, я вам по бооольшому секрету скажу, что 90% пользователей даже и не замечают перезагрузки, еще 5% не видят ничего страшного в паре минут простоя, тем более, что это надо.

>Если честно то в гробу я видел счастье что кто-то будет без спроса трогать мои файлы.

Если вы боитесь за свою интеллектуальную собственность, то быстренько на свой сервак перебирайтесь, я вам могу рассказать еще одну бооолшую тайну: админы хостинговой компании у которой ваш ВДС, в любой момент могут посмотреть на вашу «секретную» информацию.
Бекапы на корневом сервере делаются перво-наперво  в технических целях, например: выход из строя райд массива (ага, железячные райды, как показывает практика, умею наворачиваться так, что забирают с собой и всю инфу). А уж потом рассчитываются на дураков: Васи Пупкины постоянно любят убивать свою «секретную» инфу, копий которой, больше как в технических бекапах, нигде нет, увы, но это так.