Имхо, это больше кирпич в огороды Ubuntu, Gnome и KDE, чем в огород ext4.
Во первых, в ext4 отложенное распределение (delayed allocation) можно и отключить.
Во вторых, такой способ оптимизации (delayed allocation) есть не только в ext4.
В третьих, "крах системы" - это не нормальное состояние.
Это все равно что сказать: все современные ОС ненадежны - если тыкать в кнопку RESET в случаном порядке, есть шанс потерять данные.

Вообще обнуление файлов при перезаписи, связанное с отложенно записью - это не такая уж новость.
Это вполне логичное следствие возможных последствий отложенной записи (когда возникает сбой или когда компьютер резко выключается/перезагружается).
И это вполне может лечиться на уровне приложения.
Например, можно открывать файл для записи как раз перед записью.
А не так, что fopen(...), подумали, посчитали, вычислили, что будем писать, потом printf, потом ещё подумали, потом fclose.
Ещё можно указать синхронизировать данные для только что записанного файла (что-то типа sync).
Может программистам KDE и Gnome стоит переделать способы работы с конфиг файлами?

P.S.
Я бы изменил название новости на "Проблемы с потерей данных на Ubuntu 9.04 с дефолтными настройками".