> производительнсть недобазёнки составляла в 40+ тысяч операций в секунду.

Ты серьёзно думаешь что это впечатляющее число? Кстати, как раз порядка 30k записей о пакетах в pkg и заливается, только, во-первых, реальных, а не синтетических, и во-вторых, не на Core2 Extreme, а на там где реально используется pkg, т.е. в т.ч. на скромных виртуалках и одноплатниках. Поэтому и имеем

% time sudo pkg update
Updating FreeBSD repository catalogue...
Fetching meta.txz: 100%    916 B   0.9kB/s    00:01    
Fetching packagesite.txz: 100%    6 MiB   3.4MB/s    00:02    
Processing entries: 100%                                                  // грустно считаем процентики на sqlite insert полминуты
FreeBSD repository update completed. 32859 packages processed.
All repositories are up to date.
sudo pkg update  11.59s user 1.19s system 48% cpu 26.486 total

> Посмотри сам - http://www.lmdb.tech/bench/microbench/

Ты не поверишь, но именно про это я и говорю - sqlite в непередаваемо глубочайшей жопе по сравнению с kv встраиваемыми базами, при этом он в большинстве случаев используется именно как kv.

> Может, если бздя тормозит, виноват в этом может быть не только sqlite?

Вот это да, ничего не тормозит, в sqlite тормозит, виновата конечно фря.