В репозиториях популярных Linux дистрибутивов можно найти полезную утилиту
cpulimit (http://cpulimit.sourceforge.net/),
которая позволяет легко ограничить занимаемые определенной программой процессорные ресурсы.
Метод работы программы оригинален, в зависимости от указанного процента допустимой нагрузки, 
процесс периодически останавливается через отправку сигнала SIGSTOP, а затем
работа возобновляется через SIGCONT.

Например, ограничиваем потребление CPU для работающей программы find в 30%.
Определяем идентификатор процесса:

   $ ps -aux|grep find
   user 3470  7.0  7.9 25516 16252 ?       Sl   17:05  14:19 /usr/bin/find

Ограничиваем: 

   $ cpulimit --pid 3470 --limit 30

На многопроцессорных системах, процент нужно указывать с учетом числа CPU, т.е.
для 4 процессорной машины для
указания работы без ограничений нужно поставить не 100%, а 400%.