bzcat patch.bz2| patch -R -p1
   где, -R - реверсное наложение патча (возвращает в исходное до патча состояние), -p1 - уровень очистки начального пути
   (если путь в патче "diff -ruN path1/path2/file.c", то -p1 вырезает path1/, -p2 - path1/path2/)